Fast zur gleichen Zeit wie Hitlers Machtergreifung begann auch die Diskriminierung von Personen, die in der faschistischen Lehre als „Untermenschen“ galten. In diese Kategorie fielen Juden, Zigeuner und später auch Slawen. Im Jahre 1933 wurden sie jeglicher Staatsämter enthoben und die Nürnberger Rassengesetze, die eine Aufteilung in Arier und Nichtarier schafften, beraubten letztere jeglicher Bürgerrechte. Sinti und Roma, Juden und Slawen waren als rassenfremdes und minderwertiges Element zur Ausrottung vorgesehen. Man versuchte sie zur Emigration zu zwingen, beraubte sie ihres Vermögens, schikanierte sie.
Als der Zweite Weltkrieg ausbrach, wohnten in der Republik Polen über 3,2 Millionen Juden (damals etwa 8 % aller Einwohner). Schon während des Polenfeldzugs im September kam es zu Ermordungen jüdischer Bevölkerung durch einmarschierende deutsche Truppen. Dies war jedoch nur der Anfang von weiteren Maßnahmen, die zur Ausrottung eines ganzen Volkes führen sollten. Ende Oktober 1939 wurde der Entschluss gefasst, 550.000 Juden aus den ins Reich eingegliederten Gebieten ins Generalgouvernement GG auszusiedeln.
Man beschloss auch, diese Bevölkerungsgruppe in abgesonderten jüdischen Stadtvierteln zu konzentrieren. Vor der Aussiedelung in die Ghettos wurden die Juden auf andere Weise schikaniert: Man führte den Arbeitszwang ein, verbot Umzüge ohne behördliche Genehmigung, untersagte nachts den Aufenthalt außerhalb von Häusern und befahl ihnen unter Androhung schwerer Gefängnisstrafen, eine Kennzeichnung mit Davidstern zu tragen. Eigentumsrechte wurden abgeschafft, Schulen wurden geschlossen und religiöse Praktiken verboten. Ab November 1939 wurden in Städten Judenräte berufen. Sie mussten die Verordnungen der deutschen Behörden ausführen. Man begann damals auch mit der Schließung der jüdischen Viertel und der Bildung von Ghettos.
Bis Ende 1939 wurden fast alle Juden aus dem Reichsgau Danzig‐Westpreußen ins GG ausgesiedelt. Mit den Zwangsaussiedlungen gingen gelegentlich Hinrichtungen von Personen einher, die Widerstand leisteten, zu fliehen versuchten oder Befehle zu langsam ausführten.
Im Wartheland gestaltete sich die Lage anders. Hier wurden Ghettos gebildet: das erste in Piotrków Trybunalski (Oktober 1939), das größte – in Litzmannstadt (Łódź). Doch Ghettos gab es auch in anderen, kleineren Orten. Von 1939 bis 1940 wurden über 380 000 Menschen im Wartheland in Ghettos eingesperrt. Anders war die Situation im Regierungsbezirk Kattowitz, wo 100 000 Juden wohnten. Bis 1942 gab es dort keine Ghettos, erst im Jahre 1942 wurden dort einige geschaffen.
Nach Einführung des Arbeitszwangs im Jahre 1939 wurden spezielle Zwangsarbeitslager für Juden (auch Julag ‐ Judenarbeitslager genannt) geschaffen. Die meisten von ihnen entstanden im GG. Sie wurden von Verwaltungsbehörden, Polizei und der SS angelegt. Das größte Lager dieser Art entstand in Skarżysko‐Kamienna im Umkreis einer Waffenfabrik. Diese Lager wurden mit Stacheldraht umzäunt und es herrschte Terror in ihnen. Sie wurden in den Jahren 1942‐44 sukzessive aufgelöst.
Grundlage für die Errichtung von Ghettos im GG war die Verordnung des Generalgouverneurs Hans Frank vom 1. Oktober 1940 über Aufenthaltsbeschränkungen für Juden. Im Jahre 1941 wurden die meisten Kleinstadtghettos liquidiert, während deren Bewohner in verschiedene Ghettos in Großstädten umgesiedelt wurden. Diesen deportierten Juden wurden keine Wohnungen zur Verfügung gestellt; die Aufgabe, eine Unterkunft für sie zu finden, wurde auf die Judenräte abgewälzt.
Ghettos waren vom Rest der Welt durch hohe Mauern abgegrenzt. Mit der Zeit wurden sie zu hermetisch abgeriegelten Vierteln, in denen hoffnungslose Überbevölkerung herrschte und in denen es an Nahrung und Medikamenten fehlte.
Am 15. Oktober 1941 wurde die Todesstrafe für das eigenmächtige Verlassen des Viertels und für Hilfeleistung beim Verstecken von Juden eingeführt. Polen war das einzige Land, in dem eine solch drastische Strafmaßnahme galt. Die in den Ghettos geschaffenen Bedingungen erfüllten den Zweck, das jüdische Volk so schnell wie möglich auszurotten.
Die Deutschen planten anfangs, jüdische Industriebetriebe abzuschaffen, doch aufgrund der Bedürfnisse der Wirtschaft des Dritten Reichs wurde ein Plan entworfen, gemäß dessen unbezahlte Arbeitskräfte und bestehende Firmen durch deutsche Geschäftsleute genutzt werden sollten. Anfangs waren die deutschen Firmen lediglich Auftraggeber, ab 1941 wurden große kapitalistische Betriebe, die hunderte von kleineren Betrieben übernahmen, zur dominierenden Produktionsform. Sklavenarbeit war symptomatisch für diese Großbetriebe. Den deutschen Behörden kam es darauf an, die unbezahlte Arbeitskraft so effektiv wie möglich zu nutzen, deshalb wurden als Anreiz für die Arbeiter sogar einige Verbote bezüglich Bildung, Kultur und Religion aufgehoben. Die anstrengende, auszehrende Arbeit, der Mangel an Lebensmitteln, die Konzentration einer großen Menschenmenge auf einem kleinen Gelände führten zum Ausbruch von Epidemien ansteckender Krankheiten. Die Sterblichkeitsrate im Warschauer Ghetto aufgrund von Hunger, Krankheiten und allgemeiner körperlicher Auszehrung war erschreckend. Menschen starben massenweise auf den Straßen.
Die Jahreswende 1941‐42 sollte auch eine „Endlösung der Judenfrage“ bringen. Während der Wannseekonferenz wurde die Vernichtung der europäischen Juden beschlossen. Der Plan zur Ermordung aller im GG lebenden Juden war unter dem Decknamen „Aktion Reinhardt“ bekannt. Die Aktion wurde systematisch und in mehreren Etappen durchgeführt und in ihrer Folge wurden immer mehr Ghettos gänzlich aufgelöst. In Ballungsräumen, wo die Zahl der Juden groß war (Warschau) wurde der Prozess zeitlich ausgedehnt. Die Deutschen zwangen die Judenräte Personen zu wählen, die dann mit dem nächsten Spezialtransport zu den speziell für diesen Zweck errichteten Vernichtungslagern gelangten.
Das erste dieser Lager war das Ende 1941 gegründete Lager in Kulmhof (Chełmno nad Nerem). Transporte von Juden, vor allem derer aus dem Wartheland, erreichten das Lager von Dezember 1941 bis April 1943 und im Juni und Juli 1944. Weitere, ähnliche Stätten entstanden dann in Bełżec, Sobibor und Treblinka. Als Sofortvernichtungslager dienten auch die Kommandos Auschwitz‐Birkenau (Brzezinka) und Majdanek. Zu diesen Lagern brachte man sowohl Juden aus Ghettos in Polen, als auch Juden aus Westeuropa. In den Lagern wurde immer nach demselben, von vornherein festgelegten Prinzip gehandelt. Nach der Zugreise, normalerweise unter schrecklichen Bedingungen, wurden die Deportierten an der Rampe einer Selektion unterzogen. Junge und gesunde Menschen, mit seltenen Fertigkeiten wurden ausgelesen, während die anderen auf einen Platz geführt wurden, wo sie ihre Sachen zurücklassen und sich vor dem „Bad“ ausziehen mussten, welches sich als Gaskammer entpuppte. Zur Tötung der Opfer wurden Abgase von Verbrennungsmotoren genutzt, aber auch – wie in Birkenau und Majdanek – das Giftgas Zyklon B. Der ganze Prozess dauerte etwa 20 Minuten. Die Leichen wurden danach verbrannt. Sowohl bei Bedienung der Gaskammern als auch bei der Leichenverbrennung wurden jüdische Häftlinge eingesetzt. Ins Lager Sobibor wurden Opfer bis 1942 eingewiesen, nach Bełżec – von März bis November 1942, nach Treblinka – von Juli 1942 bis November 1943. Diese Lager wurden Ende 1943 oder Anfang 1944 beseitigt. Alle Anlagen und Gaskammern wurden abmontiert, die Baracken und Zäune vernichtet und in Sobibor bepflanzte man sogar das Lagergelände mit Bäumen. Am längsten hingegen – bis 28. November 1944 – wurde die Gaskammer in Birkenau betrieben. Man schätzt, dass die Aktion Reinhardt 1,7 bis 2 Million Juden das Leben kostete.
Bis Ende 1943 wurden fast alle größeren Ghettos im GG aufgelöst. Im März 1943 wurde das Ghetto in Krakau liquidiert und im April desselben Jahres – das Warschauer Ghetto. Im August folgte das Ghetto in Białystok. Nach der Beseitigung der Ghettos im Jahr 1942 war im Wartheland bis August 1944 nur noch ein Ghetto in Betrieb – in Litzmannstadt (Łódź). Dieses war ein exzellent organisiertes Arbeitslager, dass dank Sklavenarbeit unglaubliche Gewinne einbrachte.
Die letztendliche Vernichtung der Juden erfolgte während der Evakuierung der KZs vor der sich nähernden Ostfront. Man glaubt, dass sich vor der Evakuierung in den Lagern noch ungefähr eine halbe Million Juden befanden, von denen aber 60% die Todesmärsche nicht überlebten.
Leider ist es unmöglich die genaue Anzahl der jüdischen Opfer festzulegen. Die Schätzungen des Historikers Czesław Madajczyk scheinen am zuverlässigsten zu sein. Er nimmt an, dass während des vom Dritten Reich organisierten Völkermords (Shoah) 2,7 Millionen polnische Juden ihr Leben verloren haben, wovon 2 Millionen in verschiedenen Lagern, 500 000 ‐ infolge der Errichtung, des Betriebs und der Zerstörung von Ghettos, und die restlichen während Razzien und immer wieder stattgefundenen Liquidierungsaktionen starben. Es besteht kein Zweifel darüber, dass nur 2‐3% der polnischen Juden den Holocaust überlebten.
Zur gleichen Zeit als der Völkermord an den Juden stattfand, führten die Deutschen ihren Plan der Vernichtung der Roma durch. Nach Ausbruch des Krieges mit Polen wurden Gruppen von Sinti und Roma nach Polen deportiert. Hier wurden sie zu Schwerarbeit gezwungen, später wurden sie in Konzentrationslager gesperrt.
Laut Verordnung Himmlers sollten Zigeuner als eine Gruppe, die durch eine „angeborene Kriminalität“ gekennzeichnet war, total vernichtet werden. Man ermordete sie dort, wo sie gefangen genommen wurden, sperrte sie in Ghettos ein, transportierte sie zu Massenvernichtungsstätten. In Auschwitz‐Birkenau wurde für sie ein spezielles Lager errichtet, dass nach einem Aufstand der Häftlinge im Jahr 1944 letztendlich liquidiert wurde, wobei alle Roma im Lager getötet wurden. In Auschwitz sind über 21 000 Sinti und Roma aus Deutschland und Polen gestorben.
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